A crescente geração de dados nos Projetos Genoma e em outras iniciativas que estão gerando dados em escalas nunca antes experimentadas, juntamente com a necessidade de se produzir informação a partir dessa enorme massa de dados, vêm demandando o desenvolvimento de novos modelos e algoritmos. Essa perspectiva de aquisição de redes em número e volume ordens de magnitude maiores que as existentes demanda modelos e algoritmos eficientes que permitam a integração e análise de dados provenientes de múltiplos experimentos biológicos. Estes modelos e algoritmos devem ser capazes de lidar com dados incertos e incompletos visto que as redes refletem resultados experimentais descritos na literatura que são por natureza incompletos e imprecisos. Pretendemos propor um algoritmo para predição de ligações que possa ajudar a prever conexões que existam mas não estejam descritas na rede. Além disto, as redes biológicas estão normalmente organizadas em módulos funcionais. Apesar do grande número de algoritmos descritos para detecção de comunidades, não existem trabalhos que avaliem estes algoritmos e contrastem seus resultados às funções presentes em redes biológicas. Pretendemos propor algoritmos para detecção de módulos funcionais em redes de proteínas. Por fim, como é necessário comparar diversos sistemas biológicos estabelecendo equivalências entre os componentes de suas redes, estudaremos e desenvolveremos também algoritmos de mineração em grafos cujos objetivos principais serão o alinhamento de grafos além da busca de subgrafos conservados. Além disto, como alguns tipos de redes biológicas são dinâmicas, pretendemos estender as técnicas de mineração para a análise da variação dos modelos obtidos ao longo da evolução da rede. Com este projeto, esperamos contribuir no desenvolvimento de algoritmos, principalmente heurísticas, que sejam eficientes e eficazes no estudo destas redes biológicas assim como dos problemas em aberto inerentes a estas redes.

Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi – Coordenador / Wagner Meira Jr. – Integrante / Marcelo Matos Santoro – Integrante / de Melo-Minardi, R. C. – Integrante.