No primeiro semestre de cada ano são geralmente ofertadas pelo PPGCC disciplinas básicas em ciência da computação e das áreas de pesquisa do Programa. Já no 2o. semestre letivo tradicionalmente o PPGCC oferece disciplinas de tópicos avançados nas áreas de pesquisa.
A disciplina DCC865 - Projeto e Análise de Algoritmos é obrigatória para os alunos de mestrado e deve ser cursada sempre no 1o. semestre letivo que o aluno estiver matriculado.
As outras disciplinas do Curso são optativas e devem ser escolhidas de acordo com o tema de pesquisa do aluno, com a anuência de seu orientador.
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