Raquel Cardoso de Melo Minardi


 Professor  Adjunto


Bolsa produtividade CNPq nível   2


Doutora, UFMG, Brasil, 2008

  raquelcm@dcc.ufmg.br   www
 ICEx/DCC, sala 7320, +55 (31) 3409-5886
Áreas de pesquisa

Informações resumidas do Currículo Lattes


Currículo Lattes atualizado em 28/06/2017

Formação acadêmica

Doutorado em Bioinformática na Universidade Federal de Minas Gerais em 2008
Graduado em Ciência da Computação na Universidade Federal de Minas Gerais em 2004

Projetos de pesquisa em andamento

2016 a AtualThAMES: Modelos, algoritmos e visualizações para o estudo de redes biológicas multivariadas dinâmicas
Bioinformática é uma área essencialmente interdisciplinar e agregadora de conhecimentos da Ciência da Computação, e de diversas áreas na solução de problemas biológicos. Sob a perspectiva de Computação, existem ainda grandes demandas de novos modelos que possibilitem a geração de conhecimento útil para catalizar descobertas e invenções com potencial biotecnológico. Nossa atuação em Bioinformática consiste em trabalhar em diversos cenários biológicos que tratam de problemas em aberto na biologia ou com especial interesse biotecnológico. No presente projeto, temos um grande problema a ser estudado e uma interessante aplicação em um cenário de alta relevância biotecnológica: a engenharia de enzimas do tipo Beta-Glicosidades envolvidas na produção de biocombustíveis de segunda geração. Alguns problemas tem impedido a produção custo-eficiente desses biocombustíveis. Dentre eles, destaca-se a inibição da enzima Beta-Glicosidase por Glicose. Do ponto de vista de Bioinformática, esse projeto consiste então no estudo do impacto de mutações em proteínas para sua engenharia visando resolver o problema acima descrito. É importante destacar que a construção de enzimas mutantes com a eficiência necessária para os requisitos levantados anteriormente é um problema de grande complexidade, uma vez que uma proteína tem centenas de aminoácidos e para cada aminoácido há dezenove mutações possíveis. Dessa forma, fica evidente a necessidade de novos modelos, algoritmos e ferramentas que sejam capazes propor soluções para o problema descrito. A abordagem que aqui propomos consiste na modelagem dessas proteínas como grafos nos quais um nó pode ser um aminoácido (centenas) ou um átomo (milhares) e as arestas descrevem interações químicas entre eles. Essa seria uma rede multivariada e dinâmica, a qual pretendemos analisar através de modelos, algoritmos e visualizações que serão propostas nesse projeto e que podem ser amplamente utilizadas em outros cenários de aplicação.
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi (coordenador), Carlos Henrique da Silveira, Sabrina de Azevedo Silveira, Valdete Maria Gonçalves-Almeida, Leonardo Henrique França Lima.
2015 a AtualNovas visualizações interativas e um sistema de recomendação de visualizações
Este projeto visa (1) a aplicação de um processo de desenvolvimento de representações visuais interativas para a base de dados do DATAVIVA; 2) o estudo e proposta de métodos de recomendação automática de visualizações no mesmo sistema e (3) o fomento a discussões sobre as visualizações do sistema com um grupo amplo de usuários e desenvolvedores.
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi (coordenador).
2014 a AtualBioinformática Estrutural de Proteínas: modelos, algoritmos e aplicações biotecnológicas
Este projeto propõe-se enfrentar dois desafios biotecnológicos de grande relevância nacional. O primeiro envolve a ricina, uma potente fitotoxina encontrada na mamoneira. Co-produtos da produção do óleo de mamona podem conter quantidades letais de ricina. Além do risco de intoxicação animal e humana do bagaço, isso tem dificultado sua reutilização e reciclagem, em especial no semiárido nordestino. A ricina preocupa também pelo seu potencial uso como arma química. Portanto, há forte apelo para se encontrar meios efetivos de neutralizar, inibir e/ou detectar a ricina. O segundo envolve a modelagem de celulases multifuncionais, capazes de degradar eficientemente a lignocelulose, composto base para a produção de biocombustíveis de segunda geração, os quais têm por princípio a utilização de subprodutos de plantas que não podem ser usados na alimentação humana. Ambos desafios exigem uma abordagem multidisciplinar sinérgica entre a modelarem teórica in silico e experimental in vitro. Objetivos: 1) Prever in silico e validar in vitro ligantes de ricina 2) Simular in silico e caracterizar in vitro efeitos causados por intervenções estratégicas em beta-glicosidases modificadas. 3) Projetar, implementar e validar modelos, algoritmos e ferramentas de Quimioinformática e Bioinformática Estrutural de Proteínas que permitam dar suporte aos objetivos biotecnológicos previamente descritos. Espera-se que este projeto possa revelar novas plataformas químicas para o desenvolvimento de inibidores, kits de detecção, biossensores, neutralizadores (substratos suicidas) e outros produtos de inovação biotecnológica baseados na ricina, com potencial para alavancar o agronegócio da mamona e a indústria nacional de fármacos. Espera-se também a modelagem de celulases multifuncionais, capazes especialmente de orientar a manipulação genética de algas produtoras de $\beta$-glicosidases, com características catalíticas eficientes e de tolerância à inibição por glicose e celobiose, permitindo seu uso industrial na produção de etanol de segunda geração. Espera-se, em fim, que esses desafios possam inspirar novas metodologias matemáticas, computacionais, químicas e bioquímicas integradas, de modo a gerar artefatos biotecnológicos inovadores, bem como contribuir para a formação de profissionais com perfil multidisciplinar altamente qualificados.
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi (coordenador), Carlos Henrique da Silveira, Wagner Meira Jr., Douglas Eduardo Valente Pires, François Artiguenave, Marcos Augusto dos Santos, Karine Bastard, Marcel Salanoubat, Gisele Lobo Pappa, Valdete Maria Gonçalves-Almeida, Sabrina Azevedo Silveira, VALLENET, DAVID, Thiago Ferreira Noronha, Demetrius Antonio Machado de Araújo, Gerd Bruno da Rocha, Adriano Velasque Werhli, Karina dos Santos Machado, Luis Fernando Fernandes Marins, David Ascher, Tom Blundell, Liv Soares Severino, Luis Cesar Rodrigues, Leonardo Ramos Emmendorfer, Paulo Lilles Jorge Drews Jr, Bráulio Roberto Gonçalves Marinho Couto.
2013 a AtualComputação de alto desempenho na modelagem e predição de função enzimática com base em dados estruturais
A crescente disponibilidade de dados provenientes de projetos de sequenciamento e latente limitação das técnicas de anotação clássicas baseadas puramente na homologia de sequência, somadas a inúmeras iniciativas de genômica estrutural e ao aperfeiçoamento dos métodos de modelagem por homologia, tornam o desenvolvimento de técnicas baseadas em esrtutura para predição funcional bastante promissor. Visamos reunir especialistas em Bioinformática Estrutural de Proteínas do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG com pesquisadores do Genoscope, em especial o Dr. François Artiguenave, na busca por soluções que possam contribuir para o avanço do estado-da-arte na anotação de enzimas. O objetivo desta colaboração é desenvolver modelos, algoritmos e ferramentas que permitam subsidiar o processo de predição de função de enzimas órfãs (de função desconhecida) em genomas e metagenomas. As metas do projeto para os três anos incluem a formação de recursos humanos qualificados no Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG, a produção de resultados de pesquisa inéditos que possam levar à criação de protótipos, os quais possam gerar tecnologias de ponta, e a disseminação de conhecimento para a comunidade científica. Este projeto é composto por três principais linhas de investigação. A primeira delas visa dar continuidade a uma iniciativa iniciada em 2009 em colaboração com o Genoscope para a modelagem de proteínas de função desconhecida de famílias de proteínas em larga escala com o uso do computação de alto desempenho. A segunda, visa utilizar informação de estruturas de sítios ativos na predição de função e a última, utilizar informações sobre a rede de contatos entre enzimas e seus ligantes em complexos de estrutura conhecida.
Integrantes: Marcelo Matos Santoro (coordenador), Raquel Cardoso de Melo Minardi, Wagner Meira Jr., Valdete Maria Gonçalves Almeida, François Artiguenave, Gisele Lobo Pappa.
2013 a AtualModelos, algoritmos e visualizações para busca de padrões em redes biológicas
O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de modelos, algoritmos e visualizações que possibilitem a descoberta de padrões frequentes em redes biológicas, especialmente as redes de interações moleculares.
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi (coordenador), Wagner Meira Jr., Marcelo Matos Santoro, Douglas Eduardo Valente Pires, Artur Oliveira Rodrigues, Valdete Maria Gonçalves-Almeida, Elisa Boari de Lima, Sabrina Azevedo Silveira, Sandro Carvalho Izidoro, Geraldo Franciscani Jr., Aleksander Lada Arruda.
2012 a AtualModelos, algoritmos e visualizações para descoberta de conhecimento em Bioinformática
O objetivo deste projeto de pesquisa é o desenvolvimento de modelos, algoritmos e visualizações que auxiliem na descoberta de conhecimento em dados biológicos. Em especial, trabalharemos com o problema da predição da função de genes dos genomas e metagenomas recém-sequenciados.
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi (coordenador).

Projetos de desenvolvimento em andamento

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Últimas publicações

Artigos em periódicos


Trabalhos completos em congressos

Vermont: multi perspective visual interactive platform for mutational analysis
2017. IEEE Biological Data Visualization (BioVis).
Experimental Evaluation of Crowdsourcing on the Characterization of Data Visualization Techniques
2017. Brazilian Conference on Intelligent Systems.
Assinatura emocional de autores em obras literárias
2016. 22o. Simpósio Brasileiro de Multimídia e Web (WebMedia).
GReMLIN: a graph mining strategy to infer protein-ligand interaction patterns
2016. IEEE 16th International Conference on BioInformatics and BioEngineering.
Multiple view interactive environment to analyze software product line tools
2016. Simpósio Brasileiro de Sistemas de Informação.
PryMeVis: Uma ferramenta para Modelagem de Design de Privacidade
2016. Simpósio Brasileiro de Sistemas Colaborativos.
Revealing protein-ligand interaction patterns through frequent subgraph mining
2015. The 2015 International Conference on Bioinformatics & Computational Biology.
An annotation process for data visualization techniques
2014. DATA ANALYTICS 2014, The Third International Conference on Data Analytics.
Visual and interactive strategies to reveal patterns of protein-ligand interactions
2014. ISCB-LA X-Meeting 2014.
Como nos Sentimos: Uma Ferramenta de Mineração Visual de Sentimentos no Twitter
2013. II Brazilian Workshop on Social Network Analysis and Mining.
uTrack: Track Yourself! Monitoring Information on Online Social Media
2013. International World Wide Web Conference.
Caracterização dos programas de pós-graduação em Bioinformática no Brasil
2013. II Brazilian Workshop on Social Network Analysis and Mining.
VERMONT: Visualizing mutations and their effects on protein physicochemical and topological property conservation
2013. IEEE Symposium on Biological Data Visualization.
ADVISe: Visualizing the dynamics of enzyme annotations in UniProt/SwissProt
2012. IEEE Symposium on Biological Data Visualization.
Docking studies of a new series of analgesic and anti-inflamatory compounds (NSAIDs) with cyclooxigenases
2012. International Society for Computational Bioogy - Latin America 2012 Conference on Bioinformatics.

Resumos expandidos em congressos

A tool to support users´ assessment of the quality of wikipedia articles
2011. ACM/IEEE Joint Conference on Digital Libraries.
Uma estratégia out-of-core de agrupamento eficiente sem medida de similaridade
2011. Simpósio Brasileiro de Bancos de Dados (SBBD).
Using structural signatures for identifying globins: the intra-subunit electrostatics interactions
2003. II Brazilian Workshop on Bioinformatics.

Resumos em congressos

Uma investigação sobre as técnicas de visualização de informação quantitativas e qualitativas
2014. XIII Simpósio Brasileiro Sobre Fatores Humanos em Sistemas Computacionais.
Combining traditional and high-density visualizations in a dashboard to network health monitoring
2012. IEEE Visual Analytics Science and Technology.
3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme: a common fold for an uncommon reaction
2010. EMBO Conference Series: Catalytic mechanisms by biological systems: Catalytic mechanisms by biological systems at the interface between chemistry and biology.
Measuring protein structure similarity using the Levenshtein distance
2008. BIOMAT.
Using singular value decomposition and latent semactic indexing to search structural signatures in subtilase protein family
2008. BIOMAT.

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Orientações em andamento

Mestrado

Francisco Sobrinho. A definir. Início: 2016. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)
Tihiago Rodrigues. A defiinir. Início: 2016. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)
Marcos Felipe Martins Silva. A definir. Início: 2015. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)
Larissa Fernandes Leijôto. A definir. Início: 2015. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)
José Renato Pereira de Moura Barroso. A definir. Início: 2015. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)
Jonathan Felipe Xavier. A definir. Início: 2015. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)
Susana Medina. A definir. Início: 2014. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)

Doutorado

Diego César Batista Mariano. A definir. Início: 2015. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)
João Arthur Gadelha Campelo. A definir. Início: 2013. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)
Pedro Magalhães Martins. A definir. Início: 2013. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)
Wellisson Rodrigo Santos Gonçalves. A definir. Início: 2013. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)
Alexandre Victor Fassio. A definir. Início: 2013. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)
Laerte Mateus Rodrigues. A definir. Início: 2013. Universidade Federal de Minas Gerais (Orientador principal)

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